高温蒸汽灭菌和过滤灭菌是培养基常用的两种灭菌方式，而后者过程复杂，且适用面窄，培养基燃气蒸汽发生器的蒸汽灭菌显然更适合花卉基地大批量的生产。但是培养基灭菌时间不宜过长，否则有机物质特别是维生素类物质就会在高温下分解，失去营养作用，也会使培养基变质、变色，甚至难以凝固。
据花卉基地工作人员介绍，培养基在制备过程中混入各种杂菌，分装后应立即用培养基灭菌高温蒸汽发生器灭菌，至少应在24h内完成灭菌工作。灭菌后的培养基可放到培养室中预培养3天，若无污染现象，则证明灭菌是彻底的，可以使用，暂时不用的培养基最好置于低温下保存。